京东自营店的商品绝大部分是正品。京东自营采用的是B2C网络销售模式，商家直接向买家销售商品。京东商城在许多大城市都设有自己的仓库，拥有独立的物流系统和送货员。京东对商品的品质保障相当有信誉，即便是京东自营店，绝大部分商品都是正品。

京东自营店是京东直接经营的店铺，所有商品都由京东负责采购，物流和客户服务也由京东公司负责。因此，京东自营店的商品质量、物流速度和售后保障都得到了很好的控制和保障。然而，需要指出的是，相比其他店铺，京东自营店的商品价格可能会稍高，因为其服务体系更加完善。

另外，经常在京东购物的用户能够享受到许多特权，如七天无理由退货、运费双免、闪电退款等。特别是物流速度，京东的大型仓库能够确保全国各地的快速配送，大多数地区甚至能实现次日达，这是其他快递公司无法企及的。

综上所述，京东自营店的商品一般来说是正品，具有较高的可信度和品质保障。